Организация состоит из девяти сильнейших ниндзя, которые предали свои селения (нукэнинов, 抜け忍). Когда Акацуки впервые были показаны на страницах манги, их было десять человек. События развивались, и один из них, Орочимару, покинул Акацуки, троих (Сасори, Какудзу и Дэйдару) убили, и ещё одного, по имени Хидан, погребли заживо. На данный момент Акацуки состоит из четырёх основных активных ниндзя, не считая лидера и Мадары Учихи, который сначала присоединился под именем Тоби, а затем инсценировал свою гибель и продолжил руководить со стороны. Одна из целей организации — завладеть хвостатыми демонами, девятью чудовищами, заточёнными в телах людей. Один из них, Девятихвостый Лис, находится внутри Наруто. Сейчас они располагают как минимум тремя демонами: однохвостым барсуком Сюкаку, двухвостым котом Ниби и трёххвостым Самби. Перед тем, как захватить Шукаку, Дэйдара рассказывает Наруто, что его товарищи уже владеют тремя демонами (всего в сумме шесть монстров).